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后期管理控制温度在22—28 空气相对湿度在90%—95%，每天浇水一次，做到湿而不见水，忌长时期积水，同时做好通风管理，灵芝原基生长迅速，日生长速度可达0.5-1cm，边缘向外扩展，形成菌盖，菌盖边缘乳白色，菌盖一圈圈向外扩散生长。采收经过20d左右，灵芝菌盖边缘乳白色-乳黄色圈消失，菌盖开始革质化，呈棕色，表明菌盖已停止生长，但还可进行加厚生长。菌盖下面子实层内弹射出棕红色担孢子时，表明子实体已成熟，即可采收。采收时用锋利的小刀或果技剪在菌柄0.5-1cm处割取。采收后的子实体应及时晒干或烘干，然后装袋入库储藏。
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碾压、挤压法．在低温等条件下，利用罐体和球磨等的迅速摆动、碾磨、挤压将灵芝抱子破壁．利用高能纳米冲击磨对灵芝抱子进行破壁处理，灵芝抱子的破壁率在80%以上，且能有效解决黏球、黏壁现象．高压气爆法．高压气爆法通过在某一时间内将未破壁的灵芝抱子维持在高压力的状态中，然后在另一时间内泄压至较低压力，使灵芝抱子细胞壁上的孔穴增大和增多．例如，刘东波等运用高压气爆法处理灵芝抱子样品后，灵芝多糖和三萜提取率有较大提高． 气流粉碎法．气流粉碎法使压缩空气通过特定角度的研磨嘴进入研磨腔，产生高速的螺旋状气流，物料在螺旋气流的带动下在研磨腔内高速旋转，颗粒间由于不同速度而产生碰撞，从而达到粉碎的效果．例如，肖鑫等利用高压气流粉碎法处理灵芝抱子，破壁率达99%以上．
防治措施针对芝棒污染原因和引发途径，生产上，要掌握灵芝品种的特征特性，提供适宜其生长的环境条件，规范操作，并贯彻为主的方针，避免或减少芝棒感染杂菌。选用优良品种，对退化品种进行提纯复壮选用抗病性强、生活力强、高纯度的菌种进行接种。经多年试验示范，以采收子实体为主的菌株“日本赤灵芝”，采芝、收粉兼用型菌株“黄山8号”两个优良菌株较适宜我省气候特点及段木熟料灵芝栽培模式，由于栽培多年，该两个品种有退化趋势，需进行提纯复壮。科学安排栽培季节根据中原地区气候特点，短段木灵芝菌棒制作期选在11月上旬至翌年2月上旬为宜，在此时段内，为让菌丝有足够的发菌时间，宜利用当地气候资源，提早制作菌棒。
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