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后期管理控制温度在22—28 空气相对湿度在90%—95%，每天浇水一次，做到湿而不见水，忌长时期积水，同时做好通风管理，灵芝原基生长迅速，日生长速度可达0.5-1cm，边缘向外扩展，形成菌盖，菌盖边缘乳白色，菌盖一圈圈向外扩散生长。采收经过20d左右，灵芝菌盖边缘乳白色-乳黄色圈消失，菌盖开始革质化，呈棕色，表明菌盖已停止生长，但还可进行加厚生长。菌盖下面子实层内弹射出棕红色担孢子时，表明子实体已成熟，即可采收。采收时用锋利的小刀或果技剪在菌柄0.5-1cm处割取。采收后的子实体应及时晒干或烘干，然后装袋入库储藏。
防治措施针对芝棒污染原因和引发途径，生产上，要掌握灵芝品种的特征特性，提供适宜其生长的环境条件，规范操作，并贯彻为主的方针，避免或减少芝棒感染杂菌。选用优良品种，对退化品种进行提纯复壮选用抗病性强、生活力强、高纯度的菌种进行接种。经多年试验示范，以采收子实体为主的菌株“日本赤灵芝”，采芝、收粉兼用型菌株“黄山8号”两个优良菌株较适宜我省气候特点及段木熟料灵芝栽培模式，由于栽培多年，该两个品种有退化趋势，需进行提纯复壮。科学安排栽培季节根据中原地区气候特点，短段木灵芝菌棒制作期选在11月上旬至翌年2月上旬为宜，在此时段内，为让菌丝有足够的发菌时间，宜利用当地气候资源，提早制作菌棒。
发菌以“井”字形堆叠，高约1m，底部用石块或废木垫空，要求堆内温度控制在20兀以上、28兀以下，晴天中午气温高时应撑膜通风降温。每周将段木上下、内外翻动1次，促进发菌均匀。约经30d，接种穴和树皮下长满菌丝，发菌结束。埋土养菌及子实体发生选排水良好、有水源或树荫下作菌床，畦床宽1.2m，深20cm。将段木横向排放在菌床内，段木间距5cm，以无杂质的细壤土填没段木间隙，而后上面覆2cm的土层。搭荫棚离菌床高60cm，棚上盖稀草帘，外覆薄膜，防止直射光和大雨冲刷。这段时间，减少水分供给，养菌约30d。当段木两端断面上具有黄白色菌丝即进入子实体发生阶段，增加空间的湿度，晴天喷水1~2次，保持土壤湿润。7月初子实体陆续发生。第2年5~7月盛产，第3年仍有子实体产生。
当料温降至40°C时，移入接种袋或接种箱中，然后放入酒精、棉塞、包扎带、气雾消毒盒、火机、接种钩、菌种，菌种好用百菌清或5%水浸洗，同时有红、绿、黄等色杂菌的菌种，每四筒料放一包菌种。一切就绪后封闭接种箱，点燃消毒盒20分钟后可实现接种，接种时操作人员预先用75%酒精消毒双手，然后小心伸入接种箱中，从尾部撕开种袋接种，种头接近棉塞处的表皮种 弃之不用。地养室培养，此时培养室温度保持24~30°C,12小时后种子开始萌发吃料，20天后当菌丝长至筒料一半时，把接种端袋口稍稍打开通气培养，菌丝长满后，零星出现原基时，进入菌棚排场管理。
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