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超声波法主要利用超声的空机械振动和空化效应来破坏灵芝抱子细胞壁.例如，Alzorqi等利用超声波提取P-D-葡聚糖,在优化条件下p-D-葡聚糖的产量为5.228mg/g．微波法．微波法利用微波的穿透能力和热效应，使细胞内部的温度迅速上升，从而使细胞内部的压力超过细胞壁膨胀所能承受的压力而破碎，促使其有效成分释放．例如，先将灵芝抱子进行微波处理，而后在低温深加工，灵芝抱子的破壁率可达99%以上．超临界提取法．超临界提取法利用气体在超临界状态下的性质,即流体的性质，使有效成分被流体萃取,Li等M运用超临界CO2萃取技术提取灵芝抱子，萃取率达到37%．机械法机械法的优点是操作简单、易行;缺点是机械设备投资大、运行成本较高．
高温烧菌培养室温度太高，杂菌易生长；发菌期菌袋内温度升至32弋以上，没及时疏袋散热，造成烧袋，致使绿霉等杂菌严重感染。培菌时有两个升温关键期，一是菌种萌发覆盖料面后的迅速生长期；二是早春气温迅速升高。高温烧菌后，病害症状没及时表现出来，但由于灵芝菌丝受损严重，芝棒割袋下地后，病害很快爆发。芝棒菌丝体成熟度不足灵芝菌丝体成熟度不足，菌丝体抗性弱，芝棒下地、菌袋剪口后仍易感染杂菌。阳光暴晒菌袋菌袋覆土后，日照强烈，迅速升温，芝棚遮阳度小（甚至没有遮阳），致使菌袋菌丝体被太阳暴晒受损后感染杂菌。芝棒下地后灌水由于是不完全脱袋栽培，芝棒下地后灌水，菌木表面及菌袋内的水份不能很快从袋内蒸发出来，过高的土壤水份会切断段木菌丝的氧气供给，致使芝棒呼吸不畅窒息死亡后感染杂菌。
塑料袋质量差塑料袋太薄（0.035mm以下），质量差,段木块毛刺多，装袋、接种及运输过程中未轻拿轻放或机械破损，致使菌袋出现微孔，造成污染。 罩膜初鼓起时，未放冷气；袋破或底层袋泡水或扎口太松造成水袋；常压灭菌保持时间不够、温度不够或中间加水降至100弋以下时间太长；罩膜漏气，温度达不到要求值。接种时料温太高接种时料袋温度太高，超过菌种所能承受的温度范围，造成菌种被烫伤或烫死后不萌发并感染杂菌。培菌环境不良主要是培养室内湿度过大，通风不良，环境不洁，甚至有鼠害。个别芝农在培养室内洒水并使地面上存有积水，空气相对湿度超过70％，利于杂菌滋生。
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