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出芝管理前期管理（埋棒后20天）菌袋埋土后，主要为水分、通气、温度光照三要素的调节，要保持适宜的温度、湿度、光照和控制通风量，温度要保持在22—26T，空气相对湿度要保持在85%—90%，初期以保温为主，白天拉开一层遮阳网，接受光照，避免日光直射，增加土壤温度，中午气温过高时，应开窗通风，喷水降温。在汉中约15d原基便可零星露出土表。中期管理（埋棒后20—40d）气温上升，温差较大，白天注意降温，控制温度在22—28空气相对湿度要保持在90%—95%;晚间应放下薄膜减少温差。光照采用双层遮阳网控制，制造出闪烁型林下散射光。此阶段，菌原基生长较快，每2—3d要进行通风换气，灵芝对二氧化碳非常敏感，否则，会造成灵芝菌柄长、不开伞或畸形。在此期间要定苗修头，原基生长20d后海袋选留1株强势菌株，并对其上生长点进行修头，即修成马蹄形，利于商品外形一致，提高灵芝菌盖的商品率，一般次修完后10d，应再进行一次留株修头。
河南驻马店市近几年研究段木熟料栽培灵芝，其产品质量可靠，效益较好。2009年至2010年度，有部分芝农，因前期发菌、芝棒下地等技术环节管理不到位及春季天气温度低等方面的原因，芝棒污染严重，造成了资源浪费及经济损失，个别地方因此产生菌种质量纠纷，影响着灵芝产业的发展。对此，笔者对我市灵芝主产区的芝棒污染原因进行了专门的调查研究，并提出了相应的措施。污染原因芝棒污染的根本原因是竞争性杂菌入侵感染，芝棒大范围污染事件多发生在灵芝栽培老产区，其污染原因归纳起来主要有以下几个方面：栽培品种抗逆性减弱抗逆性减弱是品种种性退化的一个表现，这是芝棒污染的内因。菌种不合格主要表现为栽培种带有杂菌；菌龄过长，菌种老化，萌发力差，吃料慢，菌丝弱，接种后封面时间长；高温、变温培养的菌种，菌丝纤细无力，扩展缓慢。
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